211service.com
Britse regering kiest Illumina om 100.000 genomen te sequencen
De Britse regering zegt van plan te zijn het Amerikaanse gen-sequencing bedrijf Illumina in te huren om 100.000 menselijke genomen te sequensen in wat het grootste nationale project is om het DNA van een bevolking te ontcijferen.
Genmachine: Een sequencing-instrument van Illumina kan een genoom in een dag decoderen.
In een reglementaire indiening met de Amerikaanse Securities and Exchange Commission, zei Illumina dat het was uitgekozen als de voorkeurspartner voor het project van £ 100 miljoen.
Genomics England bevestigde dat het het Californische bedrijf had gekozen om het sequencingproject uit te voeren. We hebben het 'bake-off'-proces doorlopen om het juiste bedrijf te vinden om de sequencing uit te voeren, en we gaan nu gedetailleerde onderhandelingen aan, zegt Vivienne Parry, een woordvoerder van Genomics England.
Illumina's sequencing-instrumenten domineren de markt voor het ontrafelen van DNA (zie 50 slimste bedrijven). Parry zegt dat minder dan vijf andere bedrijven bieden op de baan, een van de grootste sequencing-projecten die ooit zijn ondernomen.
Enkele andere landen overwegen ook grote nationale sequencingprojecten. Het Britse project zal zich richten op mensen met kanker, maar ook op volwassenen en kinderen met zeldzame ziekten. Omdat alle Britten lid zijn van de National Health Service, verwacht het project DNA-gegevens te kunnen vergelijken met gedetailleerde gecentraliseerde medische dossiers (zie Why the U.K. Wants a Genomic National Health Service).
Hoewel het aantal genomen waarvan de sequentie moet worden bepaald 100.000 is, is het totale aantal Britten dat aan het onderzoek deelneemt kleiner, ongeveer 70.000. Dat komt omdat Genomics England voor kankerpatiënten de sequentie van zowel hun erfelijke DNA als die van hun kankers wil verkrijgen.
Genomics England begon begin dit jaar te praten met potentiële bieders, waaronder het Chinese bedrijf en Illumina-rivaal BGI (zie Inside China's Genome Factory). In die tijd waren de gemiddelde kosten voor het voltooien van een genoom ongeveer $ 3.000 tot $ 4.000.
Het voltooien van alle 100.000 genomen zou meer dan twee keer het budget van Genomics England hebben gekost. Het bureau zei in december dat het van plan was zijn onderhandelingsmacht te gebruiken om de prijzen te verlagen.
Illumina reageerde door een nieuw systeem uit te brengen, de Hiseq X Ten, dat naar eigen zeggen in staat zou zijn om genomen te sequensen voor $ 1.000 per stuk, waarbij een langverwachte prijsbarrière wordt overschreden (zie Heeft Illumina het eerste genoom van $ 1.000?).
Dat systeem bestaat eigenlijk uit 10 machines, die elk $ 1 miljoen kosten. Door van kopers te eisen dat ze ten minste $ 10 miljoen in apparatuur investeren, zorgde Illumina ervoor dat de lagere kosten van haar nieuwe systeem geen grote invloed hadden op de prijzen in andere delen van de sequencingmarkt, terwijl ze grote nationale banen zoals die in het VK liet veroveren.
Volgens gebruikers van het nieuwe Illumina-systeem ligt de prijs per genoom nog steeds dichter bij $ 2.000 dan $ 1.000.
Parry zegt dat Illumina de sequencing zal uitvoeren namens Genomics England, en dat de twee de onderhandelingen in de komende twee weken zullen afronden. Het is een enorm spannend project dat zich aan de rand van de technologie bevindt. Het is niet iets dat mensen eerder hebben gedaan, zegt Parry. We zullen tegen de grenzen van de technologie aanlopen.
[Update 7/12/14: Illumina zal namens Genomics England sequencing uitvoeren van 100.000 genomen. Een eerdere versie van dit artikel zei ten onrechte dat Genomics England van plan was het DNA van 100.000 verschillende individuen te sequensen en dat het dit zelf zou doen met instrumenten die waren gekocht bij Illumina.]