211service.com
Drie vragen voor J. Craig Venter
Genoomwetenschapper en ondernemer J. Craig Venter is vooral bekend als de eerste persoon die in 2001 zijn eigen genoom sequenseerde.
Dit jaar startte hij een nieuw bedrijf, Human Longevity, dat van plan is om tegen 2020 een miljoen menselijke genomen te sequensen, en uiteindelijk webgebaseerde programma's aan te bieden om mensen te helpen hun genetische gegevens op te slaan en te begrijpen (zie Microben en metabolieten voeden een ambitieus verouderingsproject) .
J. Craig Venter
Venter zegt dat hij tot nu toe de genomen van 500 mensen heeft gesequenced, en dat vrijwilligers ook een reeks tests beginnen te ondergaan die hun kracht, hersengrootte, hoeveel bloed hun hart pompt, en, zegt Venter, zo ongeveer alles wat kan worden gemeten over een persoon, zonder ze open te snijden. Deze informatie wordt ingevoerd in een database die kan worden gebruikt om verbanden tussen genen en deze eigenschappen, evenals ziekte, te ontdekken.
Maar dat zal een enorme hoeveelheid data vereisen. Om deze vaardigheden te krijgen, rekruteerde Venter Franz Ocho , de machine learning-specialist die Google Translate leidt. Nu zal Och vergelijkbare methoden toepassen om genomen te bestuderen in een datawetenschaps- en softwarewinkel die Venter opricht in Mountain View, Californië.
De aanwerving komt net op het moment dat Google zelf een soortgelijk klinkende poging heeft gelanceerd om biomedische gegevens te verzamelen (zie What's a Moon Shot Worth These Days). Venter noemt de plannen van Google voor een biomedische database een babystapje, een veel kleinere versie van wat we doen.
Wat duidelijk is, is dat genoomonderzoek en datawetenschap op nieuwe manieren samenkomen, en op een veel grotere schaal dan ooit tevoren. We vroegen Venter waarom.
Hoe staan we ervoor in genomics?
Volgens mij zijn er geen noemenswaardige vorderingen gemaakt. Een reden daarvoor is dat genomics een wet van zeer grote getallen volgt. Ik heb mijn genoom al 15 jaar en er is niet veel dat ik kan leren omdat er niet zoveel anderen zijn om het mee te vergelijken.
Waarom heeft u een expert in machinevertaling ingehuurd als uw beste datawetenschapper?
Tot nu toe was er geen software om mijn genoom met jouw genoom te vergelijken, laat staan met een miljoen genomen. We willen op een punt komen waarop het een paar seconden duurt om je genoom met alle andere te vergelijken. Het zal veel werk vergen om dat te doen.
Google Translate begon als een langzaam algoritme dat uren of dagen in beslag nam en niet erg nauwkeurig was. Maar Franz [Och] bouwde een machine-learningversie die op het web kon verschijnen en elk artikel kon vinden dat van het Duits naar het Engels of omgekeerd was vertaald, en daarvan kon leren. En toen werd het geoptimaliseerd, dus het werkt in milliseconden.
Ik overtuigde Franz, en hij overtuigde zichzelf, dat het begrijpen van het menselijk genoom op de schaal die we proberen te doen een van de grootste vertaaluitdagingen in de geschiedenis zal zijn.
Hoe is het ontdekken van het verband tussen genen en ziekte zoals het vertalen van talen?
Alles in een cel komt voort uit je DNA-code, alle eiwitten, hun structuur, of ze nu seconden of dagen duren. Dat is allemaal voorgeprogrammeerd in DNA-taal. Dan wordt het vertaald in het leven. Mensen zullen zeer verrast zijn over hoeveel van een DNA-softwaresoort we zijn.