211service.com
Een kankeratlas om te voorspellen hoe het patiënten zal vergaan
Het begrijpen van de genetische veranderingen in tumoren die de meest dodelijke kankers onderscheiden van meer goedaardige kankers, zou artsen kunnen helpen om patiënten beter te behandelen.
Vandaag lanceren Zweedse onderzoekers een nieuwe open access-catalogus die veel van die genetische veranderingen in kaart brengt. Deze atlas koppelt duizenden specifieke genen die betrokken zijn bij tal van kankers aan de overleving van de patiënt en onthult ook potentiële nieuwe doelwitten voor geneesmiddelen.
De nieuwe atlas is een van de vele voortdurende inspanningen om gegevens te begrijpen die zijn verzameld door openbare databases - zoals de Cancer Genome Atlas van het National Cancer Institute - die fungeren als opslagplaatsen voor tumormonsters. Het doel is om praktische informatie te verzamelen, zoals ziektemarkers, die kunnen worden gebruikt om kankermedicijnen en -diagnostiek te ontwikkelen.
Om de atlas te genereren, gebruikten onderzoekers onder leiding van Mathias Uhlén, een professor in de microbiologie aan het Royal Institute of Technology in Zweden, een supercomputer om 17 belangrijke soorten menselijke kankers te analyseren uit bijna 8.000 tumormonsters. Uhlén zegt dat zijn team op zoek was naar holistische veranderingen in het genoom die door deze mutaties werden veroorzaakt.
Vervolgens brachten ze alle genen in die kankercellen in kaart om erachter te komen hoe eiwitten die door deze genen worden gemaakt, de overleving van de patiënt beïnvloeden. Genen dragen instructies voor het maken van eiwitten, en het niveau van genexpressie verhoogt of verlaagt de hoeveelheid eiwit die genen maken. Deze resulterende eiwitten kunnen biologische processen zoals kanker drastisch beïnvloeden.
De onderzoekers merkten op dat de niveaus van eiwitten in verschillende kankers sterk varieerden, wat de behoefte aan gepersonaliseerde kankerbehandeling op basis van de unieke kenmerken van de tumor van een patiënt versterkt, zeggen ze.
De onderzoekers ontdekten dat meer dan 2000 genen verschillende effecten hadden op de overleving van een patiënt, afhankelijk van het type kanker en waar de tumor zich in het lichaam bevond. In sommige gevallen werden genen die meer tot expressie werden gebracht geassocieerd met betere patiëntresultaten, en andere voorspelden slechtere vooruitzichten voor patiënten. De resultaten zijn gedetailleerd vandaag in het journaal Wetenschap .
Uhlén en zijn team identificeerden nog een set van meer dan 2.000 genen die mogelijk tumorgroei zouden kunnen doden, maar zegt dat het beïnvloeden van de meeste van die doelen met medicijnen waarschijnlijk ernstige bijwerkingen voor patiënten zou hebben. Daarvan voorspellen ze dat 32 genen die in meer dan 80 procent van de tumoren worden aangetroffen, ongeacht het type kanker, medicijndoelen vertegenwoordigen.
Eerder hebben onderzoekers zich gericht op het gebruik van DNA-sequencing om genetische mutaties te identificeren die bij kanker betrokken zijn. Om deze nieuwe atlas te maken, gebruikten wetenschappers RNA-sequencing om te begrijpen hoe genen veranderen wanneer ze worden aangetast door kanker.
John Leite, vice-president oncologie bij het gensequencing-bedrijf Illumina, zegt dat er veel biologische informatie nodig zal zijn om de onderliggende mechanismen te begrijpen die de vorming van kanker veroorzaken en uiteindelijk onderzoekers en artsen in staat te stellen de beste therapie-opties voor patiënten te voorspellen. Dat is waar deze nieuwe atlas kan helpen.
Nicolas Robine, assistent-directeur van computationele biologie bij het New York Genome Center, zegt dat de atlas een nuttige bron zal zijn voor onderzoekers, maar zei dat het geen definitief, geautomatiseerd antwoord kan geven op artsen die zich afvragen hoe de kanker van een patiënt zal evolueren. Het is niet alsof je je expressieprofiel inplugt en het vertelt je of je een beter of slechter resultaat hebt.
De atlas maakt deel uit van een Zweeds programma dat in 2003 is gestart met als doel alle menselijke eiwitten in kaart te brengen die worden gemaakt door de ongeveer 20.000 of meer genen van het lichaam.