211service.com
Een startup gebruikt de cloud om DNA te ontrafelen
Sinds de voltooiing van het Human Genome Project in 2003 heeft een reeks technologische ontwikkelingen het sneller en goedkoper gemaakt om een menselijk genoom te sequencen. Maar er is nog een groot probleem: wat doe je met al die data als je het eenmaal hebt ontrafeld?
DNA-analist: Andreas Sundquist was medeoprichter van DNAnexus, een bedrijf dat cloud computing gebruikt om DNA-sequenties te analyseren.
Voor Andreas Sundquist is het antwoord om het naar de cloud te sturen. Sundquist is de CEO en medeoprichter van DNAnexus , een software-startup die zich positioneert tussen faciliteiten voor DNA-sequencing en degenen die informatie moeten beheren en verzamelen van genomen genomen, waaronder academische onderzoekers, artsen en biotechnologische en farmaceutische bedrijven.
Hoe meer data je sneller en goedkoper produceert, hoe meer het knelpunt - dat vroeger de DNA-sequencing zelf was - nu eigenlijk het databeheer is, zegt hij.
Sundquist ziet zijn bedrijf als een instant online genomics-centrum dat klanten directe toegang biedt tot enorme hoeveelheden DNA-gegevens en analysetools zodat ze alles kunnen begrijpen - en mogelijk betere behandelingen voor kanker en genetische ziekten kunnen bedenken, evenals genetische banden met ziekten zoals autisme en alcoholisme identificeren.
Zo werkt het: De gegevens van uw lab worden geüpload naar DNAnexus via een webbrowser of verzonden via een DNA-sequencing-machine die is verbonden met internet. Het staat dan in uw cloudgebaseerde account (het bedrijf gebruikt de cloudservices van Amazon en Google). U logt in op het account op uw computer om de gegevens te bekijken en gebruikt de tools van DNAnexus om deze te analyseren.
Uiteindelijk hoopt Sundquist dat DNAnexus veel verschillende genetische databases zal samenbrengen (die voorlopig op zichzelf staan, zonder gekoppeld te zijn aan anderen), wat zal bijdragen aan onderzoeksinspanningen, medicijnontdekkingen en het creëren van op drugs gerichte diagnostische tests.
En Sundquist verwacht dat de markt voor de diensten van DNAnexus in Mountain View, Californië, drastisch zal groeien. Hij schat dat wereldwijd al ongeveer 20.000 volledige genomen zijn gesequenced, en voorspelt dat dit binnen enkele jaren zal stijgen tot een miljoen, aangezien de prijs en de benodigde tijd blijven dalen (op dit moment schat hij dat het proces ongeveer een dag duurt en ongeveer $ 4.000 kost) . Al die gegevens zullen meer dan een exabyte aan gegevens bedragen - een miljard gigabyte - en er zullen honderdduizenden centrale verwerkingseenheden nodig zijn om alles te analyseren, schat hij.
DNAnexus is niet het enige bedrijf dat gokt op deze groei. David Dooling , adjunct-directeur van het Genome Institute van de Washington University in St. Louis, wijst erop dat verschillende andere bedrijven ook cloudgebaseerde DNA-analysediensten aanbieden, waaronder Verlichten .
Ik denk dat het zeker goed is dat er mensen zijn die proberen analyse toegankelijker te maken voor een bredere gemeenschap, zegt Dooling. Ik denk dat het een moeilijke waardepropositie is omdat veel mensen het nu proberen te doen.
Als de verwachtingen van Sundquist uitkomen, is er genoeg werk aan de winkel. Hij verwacht dat in de komende drie jaar miljoenen genomen zullen worden gesequenced. Hij gelooft dat over 10 jaar van iedereen in de ontwikkelde wereld de sequentie van het genoom zal worden bepaald als onderdeel van hun medische dossiers, en dat van veel kinderen de sequentie van het genoom zal worden bepaald wanneer ze worden geboren.
Binnenkort, als je naar het lab gaat en een test laat doen, zullen sommige van die tests in feite software zijn die draait op het genoom dat al deel uitmaakt van je record, zegt hij.
Dit betekent niet dat we allemaal binnenkort een haar zullen plukken of een wang afvegen en het naar een laboratorium sturen om onze genomen te laten bepalen. In de visie van Sundquist op de toekomst zal het nog eenvoudiger zijn dan dat. Ik denk dat je waarschijnlijk je duim in je mobiele telefoon zult steken en het zal worden ingebouwd, zegt hij grijnzend. Ik weet zeker dat de iPhone 10 een module voor DNA-sequencing zal hebben.