211service.com
Genetische tests op de proef stellen
Geneticus Craig Venter en collega's hebben twee van de toonaangevende genomics-services voor consumenten getest en verklaard dat de jonge industrie veelbelovend is, maar nog erg vroeg in termen van hoe nuttig de informatie zou kunnen zijn.
Venter, de oprichter van de J. Craig Venter Instituut in San Diego, CA, en medewerkers van dat instituut en van Scripps Translational Science Institute in La Jolla, CA, stuurden het speeksel van vijf personen - ze zeggen niet wiens spit ze gebruikten - naar 23andme en Navigenics , twee grote online DNA-testbedrijven, beide gevestigd in de San Francisco Bay area. Het team van Venter analyseerde en vergeleek vervolgens de resultaten om te zien of de sites consistente informatie gaven.
Het team vergeleek de vijf sets DNA-resultaten voor het risico op het ontwikkelen van 13 ziekten, waaronder darmkanker, lupus, diabetes type 2 en het rustelozebenensyndroom.
De resultaten worden vandaag gepubliceerd in een commentaar in het tijdschrift Natuur , samen met suggesties voor het verbeteren van genetische tests als direct-to-consumer product.
De groep van Venter ontdekte dat de ruwe genetische sequentiegegevens die door elk bedrijf werden aangeleverd, bijna 100 procent consistent waren. Dat wil zeggen, voor de 500.000 tot 1 miljoen genetische markers die voor elke persoon werden getest, waren de As, C's, T's en G's bijna precies hetzelfde.
Hoe de genetische testsites de gegevens interpreteerden, was minder consistent. Elk gebruikte studies in de wetenschappelijke literatuur die menselijke populaties hebben gescand op DNA-markers die verband houden met risicofactoren om te voorspellen of een persoon zal bezwijken aan een bepaalde ziekte. Een persoon kan bijvoorbeeld een 30 procent verhoogd risico hebben op diabetes type 2 als hij een bepaalde versie van de relevante genetische marker heeft.
Voor de zeven ziekten die door de onderzoekers werden geanalyseerd, was slechts ongeveer de helft van de risicofactoren die door 23andme en Navigenics werden verstrekt, het eens voor de vijf patiënten. Voor lupus en diabetes type 2 kregen drie van de vijf proefpersonen bijvoorbeeld tegenstrijdige resultaten.
De onderzoekers graven dieper en ontdekten dat sommige van de individuele risicofactoren opvallend verschillend waren. Voor psoriasis rapporteerde 23andme een risicofactor van 4,02 (vier keer groter) voor één persoon, terwijl Navigenics slechts een risicofactor van 1,25 (25 procent groter) rapporteerde, een drievoudig verschil.
In mijn eigen experimenten , Ik vergeleek de resultaten van verschillende online genetische testwebsites: 23andme en Navigenics, en ook in IJsland deCodeme . Mijn resultaten voor een hartaanval produceerden drie verschillende algemene risico's voor hartaanvallen: hoog van Navigenics, gemiddeld van 23andme en laag van deCodeme. Ik vond verschillende minder opvallende tegenstrijdigheden voor diabetes, maculaire degeneratie en andere eigenschappen.
De verschillen ontstaan om twee hoofdredenen: omdat verschillende bedrijven soms verschillende markers en combinaties van markers gebruiken om een algemene risicoscore voor een ziekte te bepalen, en omdat de algoritmen die de sites gebruiken verschillen in de manier waarop ze de risicofactoren voor verschillende genetische markers wegen. .
De Venter-studie merkt op dat bedrijven in sommige gevallen het gemiddelde ziekterisico van de bevolking anders definiëren. Navigenics maakt een onderscheid tussen het risico op ziekte onder de bevolking tussen mannen en vrouwen (mannen hebben bijvoorbeeld meer kans op hartaanvallen dan vrouwen), terwijl 23andMe vooral rekening houdt met leeftijd (bijvoorbeeld de incidentie van reumatoïde artritis neemt toe met de leeftijd), schrijven de auteurs. Deze dubbelzinnigheid in de definitie van een 'populatie' onderstreept de voorzichtigheid die men moet betrachten bij het interpreteren van absolute risicoresultaten.
De Venter-studie doet verschillende aanbevelingen voor direct-to-consumer genetische testbedrijven. Deze omvatten meer aandacht voor de genetische variaties die een hoge impact hebben op het ziekterisico en een oproep om meer markers te gebruiken die informatie geven over risicofactoren voor het nemen van medicijnen, zoals de bloedverdunner warfarine en cholesterolverlagende statines. (23andme biedt wel een marker die een risico op bijwerkingen van warfarine kan aangeven.) De onderzoekers suggereren ook dat sites beter uitleggen hoe hun markers passen in de algehele impact van genen op een ziekte (bijvoorbeeld of een bepaalde marker 5 procent vertegenwoordigt , 20 procent of 100 procent van de genetische impact op een ziekte).
Aanbevelingen aan de genetische gemeenschap omvatten het uitvoeren van klinische onderzoeken om genetische markers voor ziekte en voor gedragskenmerken te valideren bij daadwerkelijke patiënten die in de loop van de tijd worden gevolgd, en meer aandacht te schenken aan niet-blanke etniciteiten.
23andme-medeoprichter Anne Wojcicki en Navigenics-medeoprichter David Agus zijn het beiden eens met de aanbevelingen. Er is een duidelijke behoefte aan transparantie en kwaliteit in genetische associatiestudies, zegt Agus. We geven essentiële informatie aan individuen om hen te helpen met hun persoonlijke gezondheid. Die informatie moet correct zijn, anders hebben we een slechte dienst bewezen.
We zijn van plan om met 23andme samen te werken om standaarden voor het veld te ontwikkelen, voegt Agus toe. Dit is een vrijwillige inspanning die tot nu toe is mislukt. Andro Hsu zegt dat er misschien behoefte is aan een neutrale derde partij die normen opstelt - hij stelde de Centers for Disease Control voor. Anderen hebben het gehad over de Food and Drug Administration, of zelfs het National Institute of Standards and Technology.
Wat Venter en het bedrijf niet noemden, is het woord regelgeving, wat waarschijnlijk in een of andere vorm zal gebeuren als de industrie ervoor wil zorgen dat informatie nauwkeurig en consistent is. De Natuur commentaar vereist ook geen agressieve en uitgebreide inspanning om genetische tests te valideren door studies in de kliniek uit te voeren om te zien welke van deze markers echt ziekte voorspellen - een project dat nodig kan zijn om de dag te versnellen waarop deze tests medisch nuttiger worden voor particulieren.
Venter suggereert echter dat de nieuwste DNA-sequencingtechnologie snel een nauwkeuriger en grondiger alternatief oplevert voor het soort enkele DNA-markers dat door deze bedrijven wordt gebruikt. In de afgelopen paar maanden is het vermogen van wetenschappers om de volledige zes miljard nucleotiden van iemands genoom te sequensen zo goedkoop geworden dat het binnenkort de chips kan vervangen die momenteel door testbedrijven worden gebruikt. Bestaande tests scannen het genoom van een persoon op maximaal een miljoen markers die de meeste genetische variaties omvatten die verband houden met menselijke ziekten, maar ze dekken ze lang niet allemaal.
Slechts twee jaar geleden kostte het $ 1 miljoen om een volledig genoom te sequencen; nu daalt de prijs snel tot onder de $ 50.000, en volgend jaar misschien maar $ 5.000.
Als we tenminste 10.000 menselijke genomen hebben en het volledige fenotype [ziekteprofielen] met deze genomen, kunnen we correlaties maken die op dit moment onmogelijk zijn, zegt Venter. In dat stadium zal genetisch testen een goede investering zijn voor particuliere bedrijven en de overheid.