211service.com
Menselijk genoom besmet met Mycoplasma-DNA
Eerder dit jaar maakten moleculair biologen bekend dat: 20 procent van de niet-menselijke genoomdatabases is besmet met menselijk DNA , waarschijnlijk van de onderzoekers die de monsters hebben gesequenced.
Nu is het menselijk genoom zelf besmet geraakt. Bill Langdon van University College London en Matthew Arno van Kings College London zeggen dat ze sequenties van mycoplasma-bacteriën hebben gevonden in de database van het menselijk genoom.
Deze besmetting heeft verstrekkende gevolgen. Biotechbedrijven gebruiken de database van het menselijk genoom om DNA-chips te maken die de niveaus van menselijke genexpressie meten. Langdon en Arno zeggen dat ze mycoplasma-DNA hebben gevonden in twee commercieel verkrijgbare menselijke DNA-chips.
Iedereen die deze chips gebruikt om menselijke genexpressie te meten, meet onbewust ook mycoplasma-genexpressie.
In sommige opzichten is dit nauwelijks een verrassing. Het is algemeen bekend dat besmetting met mycoplasma wijdverbreid is in laboratoria voor moleculaire biologie, zeggen Langdon en Arno. Met een beetje geluk zal de ontdekking van dit spul in de database van het menselijk genoom de aandacht op het probleem richten.
Een belangrijke vraag is de aard van dit soort informatieoverdracht. Deze mycoplasma-genen zijn duidelijk succesvol in het reproduceren van zichzelf in silicium. Een mogelijkheid is dat we het begin zien van een geheel nieuw soort infectielandschap.
Hier kunnen genen die zich voordoen als mens (of zelfs als andere organismen) zichzelf met succes van de ene database naar de andere overbrengen. En als we dit als een virtuele infectie beschouwen, is het zeker dat we ons in de nabije toekomst zorgen zullen maken over virtuele evolutie.
Maar wat te doen? Het niveau van besmetting en de manier waarop het zich verspreidt, suggereert dat onderzoekers de strijd verliezen om het te elimineren. We.. vrezen dat de huidige instrumenten ontoereikend zullen zijn om genen te vangen die over de siliciumbarrière zijn gesprongen, zeggen ze.
Het meest angstaanjagende van alles is de mogelijkheid dat Langdon en Arno alleen maar aan de oppervlakte zijn gekomen. Nadat ze twee verdachte DNA-sequenties hebben gevonden, lijkt het waarschijnlijk dat de gepubliceerde menselijke genoomsequentie meer bevat, zeggen ze.
Als virtuele infectie echt zo'n groot probleem is als Langdon en Arno suggereren, moeten we databases misschien beschermen met de genomische versie van antivirussoftware, een soort virtueel immuunsysteem.
Maar dit op zich zal waarschijnlijk leiden tot een evolutionaire wapenwedloop die genen selecteert die het meest in staat zijn om de waarborgen te verslaan.
Het is duidelijk dat dit een brandnetel is die snel moet worden gegrepen. Dat is als het nog niet te laat is.
Referentie: arxiv.org/abs/1106.4192 : Meer beschimmelde gegevens: virtuele infectie van het menselijk genoom