211service.com
Pacific Biosciences Sequencing Machine onthuld
De langverwachte nieuwe sequencing-machine van Pacific Biosciences is eindelijk gearriveerd.
Het bedrijf onthulde het instrument aan de aanwezigen van de Vooruitgang in de bijeenkomst over genoombiologie en technologie , een chic evenement dat de plek is geworden om een plons in sequencing te maken. Met een durfkapitaal van $ 266 miljoen tot nu toe en een unieke technologie die in staat is om enkele DNA-moleculen in realtime te lezen, is Pacific Biosciences de meest besproken start-up geweest sinds het kwam voor het eerst naar voren van stealth-modus op dezelfde conferentie in 2008. Pacific Biosciences werd inderdaad uitgeroepen tot een van onze TR50, de top 50 van meest innovatieve bedrijven.
Het bedrijf kondigde ook aan dat het al tien eenheden heeft verkocht - met een prijskaartje van $ 695.000 elk - met een aantal sequencing-centra in de coulissen. (Inbegrepen in de eerste ronde van klanten zijn: Baylor College of Medicine, het Broad Institute, Cold Spring Harbor Laboratory, het US Department of Energy Joint Genome Institute, het Genome Center aan de Washington University, Monsanto, het National Cancer Institute/SAIC-Frederick , het National Center for Genome Resources, het Ontario Institute for Cancer Research en Stanford University.)
Het was tijdens de conferentie van 2008 dat de oprichter van het bedrijf, Stephen Turner, voor het eerst zijn vaak herhaalde claim deed voor een instrument dat in staat is om een menselijk genoom in slechts 15 minuten te sequencen. Volgens een voorbeeld op Bio-ITWorld.com heeft CEO Hugh Martin die voorspelling bijgewerkt:
Zelfs met toekomstige upgrades zegt Martin dat de huidige machine niet degene zal zijn die het 'genoom van 15 minuten' levert, zoals PacBio-oprichter Stephen Turner twee jaar geleden beweerde. Hoewel het aantal ZMW's op een SMRT-cel in de loop van de tijd zal worden verdubbeld tot 160.000 ZMW, heeft PacBio 1 miljoen nodig om het genoom te krijgen. Het is waarschijnlijk [in staat om] een genoom van 2 of 3 uur te leveren. Het V2-instrument zal het doel van 15 minuten bereiken, maar dat staat pas gepland voor 2014.
Het Bio-IT-stuk merkt ook op dat:
Martin heeft geen voorbeeld van traceergegevens bekeken of foutenpercentages besproken in het machinevoorbeeld. Bij de volledige release later dit jaar zei hij echter dat de gemiddelde leeslengte 1000-1250 basen zal zijn, fractioneel langer dan 454 of Sanger-sequencing, met 5% leest tussen 3-5 kb. Voor een gericht sequencing-experiment krijg je 5% van 30% [de Poisson-limiet] van 80.000 [ZMW's], dus je krijgt 1.000 reads in het bereik van 3-5 kb voor $ 99. Ondanks de lagere doorvoer in vergelijking met de high-end machines van de tweede generatie, wees Martin op een voordeel in flexibiliteit, bijvoorbeeld het laten uitvoeren van diagnostische monsters zonder te hoeven wachten tot voldoende monsters het de moeite waard maken voor een run op een 2e-generatie box .
Niet iedereen was onder de indruk. Geneticus en blogger Daniel MacArthur merkte in a recente post ,
Over het algemeen kan ik niet anders dan onder de indruk zijn van alles wat ik tot nu toe van PacBio heb gezien, vooral in vergelijking met de dramatisch overhyped claims (15 minuten genoom, iemand?) Het bedrijf is de afgelopen jaren berucht geworden .