211service.com
Zoeken naar ziekteaanwijzingen in genetische diversiteit
De afgelopen jaren hebben wetenschappers honderden genetische varianten ontdekt die verband houden met ziekten. Maar de overgrote meerderheid van dat onderzoek was gericht op mensen van Europese, Aziatische en Afrikaanse afkomst. Een nieuwe poging om genetische diversiteit onder mensen in Mexico in kaart te brengen - die samen met andere Latijns-Amerikanen een unieke voorouders hebben - zou licht kunnen werpen op ziekten die deze groepen onevenredig treffen, en op waarom sommige medicijnen meer of minder effectief kunnen werken in deze populaties. Het onderzoek kan ook helpen bij het ontdekken van zeldzame genetische varianten die verantwoordelijk zijn voor een aanzienlijk deel van het genetische risico op ziekte.
Smelten kan: Een nieuwe poging om genetische diversiteit in Latijns-Amerikanen te bestuderen, met name in Mexico, zou licht kunnen werpen op ziekten, zoals diabetes type 2, die deze groep onevenredig treffen.
Als gepersonaliseerde geneeskunde een wereldwijd fenomeen gaat worden, dan moeten wetenschappers het genoom van alle wereldbevolkingen begrijpen, zegt Gerardo Jiménez-Sanchez , voormalig directeur van het National Institute of Genomic Medicine, in Mexico. (Het instituut, opgericht in 2004 en bekend onder de afkorting INMEGEN , is analoog aan het Amerikaanse National Human Genome Research Institute.)
Hispanics zijn een relatief jong - ongeveer 500 jaar oud - amalgaam van drie grote continentale groepen - Europees, Indiaans en Afrikaans - en vormen ongeveer 15 procent van de wereldbevolking. Binnen dat gebied is zoveel ecologische en genetische variabiliteit dat je de intrinsieke diversiteit echt in je wetenschappelijke voordeel kunt gebruiken, zegt Esteban Burchard , een arts en wetenschapper aan de Universiteit van Californië, San Francisco. Als een bepaalde ziekte bijvoorbeeld veel vaker voorkomt in één voorouderlijke groep, hoeven wetenschappers alleen het DNA te screenen dat van die groep is geërfd bij een persoon van gemengde afkomst. Dat vermindert aanzienlijk de hoeveelheid DNA die moet worden onderzocht om genen te vinden die aan de ziekte zijn gekoppeld.
Onderzoekers hopen een deel van die diversiteit te vangen met het onlangs aangekondigde Slim Initiative for Genomic Health, een partnerschap van $ 65 miljoen tussen het Broad Institute, een onderzoeksinstituut voor genomica in Cambridge, MA, en het Carlos Slim Health Institute, een non-profitorganisatie in Mexico-Stad. Het onderzoek zal zich richten op de genetische basis van diabetes type 2 in Mexicaanse en Latijns-Amerikaanse populaties, evenals op de genomica van kanker wereldwijd.
Het meeste werk aan diabetes werd gedaan in Europese populaties, en er zal veel geleerd worden door naar andere populaties te kijken, zegt Eric Lander , directeur van de Broad. Zelfs als de fundamentele mechanismen in alle populaties hetzelfde zijn, zullen bepaalde genetische varianten anders zijn, dus het zal gemakkelijker zijn om sommige genen in sommige populaties te vinden. Type 2-diabetes komt met een bijzonder hoge frequentie voor in Latijns-Amerikaanse populaties, en er is reden om te denken dat de Indiaanse bijdrage aan de genenpool enig effect heeft, voegt hij eraan toe. Hoewel de specifieke details van het initiatief nog worden gepland, zal het zowel gensequencing als op microarray gebaseerde studies omvatten. Veel van het eerste werk zal worden gedaan in de Broad.
Het nieuwe onderzoek zal voortbouwen op recente inspanningen om de genetische diversiteit van Mexico te catalogiseren. Vorig jaar publiceerden Jimenez en medewerkers een Mexicaanse versie van de HapMap, een kaart met veelvoorkomende genetische variaties, in de Proceedings van de National Academy of Sciences . De originele HapMap, voltooid in 2005 en gedeeltelijk ontwikkeld in de Broad, stelde wetenschappers in staat DNA-microarrays te ontwerpen die bezaaid waren met deze veel voorkomende variaties. Die chips zijn gebruikt om het genoom van tienduizenden mensen te screenen om te zoeken naar genetische variaties die vaker voorkomen bij mensen met specifieke ziekten.
De oorspronkelijke HapMap sloot echter bijna volledig inheemse Amerikanen uit, grotendeels als gevolg van politieke oppositie van inheemse groepen. En de meeste Hispanics zijn deels Native American - een recent onderzoek in Mexico City wees uit dat 70 procent van de voorouders van de deelnemers Native American was, zegt Burchard. Dat betekent dat de HapMap niet van toepassing is op hedendaagse Latino-populaties, zegt hij.
De eerste versie van de Mexicaanse HapMap heeft al een unieke verdeling van genetische variaties onthuld, SNP's genaamd (single nucleotide polymorphisms). We zien duidelijk verschillende componenten in het mengselpatroon bij de Mexicaanse bevolking, zegt Jimenez. We kunnen ook zien dat de Mexicaanse bevolking een mengsel is van individuen die erg Europees zijn tot mensen die erg inheems zijn. Wetenschappers zullen deze informatie gebruiken om toekomstige studies te ontwerpen die ziektegerelateerde genen effectiever kunnen identificeren.
Onderzoekers gebruiken de kaart nu om de Mexicaanse afkomst te analyseren - het land is de thuisbasis van 65 inheemse groepen - en om genoombrede associatiestudies uit te voeren naar hart- en vaatziekten, obesitas, diabetes type 2 en leeftijdsgebonden maculaire degeneratie. Voorlopig onderzoek bracht een genetische variatie aan het licht die verband houdt met hoge niveaus van cholesterol en triglyceriden die alleen bij Latijns-Amerikaanse mensen voorkomt.
Jimenez, voorzitter van de Biotechnology Commission van de Organisatie voor Economische Samenwerking en Ontwikkeling, zegt dat de bevindingen belangrijk zullen blijken voor het ontluikende veld van gepersonaliseerde geneeskunde en voor farmaceutische bedrijven die genetisch gerichte medicijnen ontwikkelen. Je kunt het risico op ziekte van Europeanen niet extrapoleren, zegt hij. U moet ervoor zorgen dat u producten en diensten ontwikkelt op basis van de genetische samenstelling van de Mexicaanse bevolking. Genomische geneeskunde is niet iets dat we in de VS kunnen ontwikkelen en naar de wereld kunnen exporteren.