De sequencing-boom van de CDC van $ 1,75 miljard gooit misschien geld naar het verkeerde probleem

mevrouw Tech | Getty, Envato

• Congres pompt geld in CDC, staats- en lokale genomische surveillance
• Sommige staten halen het doel om 5% van de positieve tests op nieuwe varianten te onderzoeken
• Maar de meeste voordelen zullen op de lange termijn zijn, en de Amerikaanse regels voor de gezondheidszorg maken het volgen op patiëntniveau bijna onmogelijk

Kort nadat president Biden was ingehuldigd, had de man die het bevel kreeg over zijn reactie op het coronavirus een boodschap over wat Amerika moest doen. We zijn 43e in de wereld in genomic sequencing, zei Jeff Ziens op een persconferentie in januari . Totaal onaanvaardbaar.

Het antwoord, zo suggereerde hij, was om de juiste hoeveelheid genomische sequencing uit te voeren, waardoor we varianten vroeg kunnen herkennen, wat de beste manier is om met mogelijke varianten om te gaan.

Wetenschappers hebben de genomen van covid-monsters gesequenced sinds het eerste geïdentificeerde geval in Wuhan; de eerste mRNA-vaccins werden gebouwd met behulp van genetische code die in januari door Chinese wetenschappers openbaar werd gemaakt. En het is gedaan op een ongekende schaal. Half december, 51.000 covid-genomen uit de VS was al gedecodeerd en gepost in openbare repositories. Dat is zeven keer het aantal griepmonsters dat jaarlijks wordt gesequenced door de Centers for Disease Control and Prevention.

De overgrote meerderheid van covid-sequencing in Amerika is uitgevoerd in academische centra. Dat komt vooral omdat het tot voor kort werd beschouwd als een academische bezigheid, het volgen van veranderingen in een virus waarvan algemeen wordt aangenomen dat het langzaam en gestaag evolueert.

Verwant verhaal

Wat ging er mis met het Amerikaanse vaccingegevenssysteem van $ 44 miljoen? De CDC bestelde software die bedoeld was om de uitrol van het vaccin te beheren. In plaats daarvan wordt het geplaagd door problemen en verlaten door de meeste staten.

Zelfs in november en december, aangezien zowel het VK als Zuid-Afrika kondigde meer overdraagbare stammen aan en Denemarken zei dat het 15 miljoen nertsen zou doden om een ​​mutatie te bevatten, voerden veel wetenschappers en volksgezondheidsorganisaties aan dat het onwaarschijnlijk was dat het virus zou ontsnappen aan vaccin-geïnduceerde immuniteit.

Toch, zoals de krantenkoppen waarschuwden voor gemuteerd coronavirus verspreiden uit de hand gelopen , politici en het publiek eisten te weten of er varianten van zorg waren in hun eigen achtertuin.

Gezien de kleine fractie van de Amerikaanse infecties waarvan de sequentie is bepaald, zou de variant al in de Verenigde Staten kunnen zijn zonder te zijn gedetecteerd, reageerde de CDC in een verklaring online gepubliceerd .

Amerika vliegt blind werd al snel een refrein, niet alleen voor wetenschappers die steun zochten voor hun werk, maar ook voor critici van de Amerikaanse reactie die op zoek waren naar een oplosbaar probleem. Enige frustratie werd zeker veroorzaakt door onnauwkeurige berichtgeving: op 22 december bijvoorbeeld, meldde de New York Times Dat minder dan 40 covid-genomen was sinds 1 december in de VS gesequenced. In werkelijkheid hebben Amerikaanse laboratoria in die periode bijna 10.000 nieuwe sequenties naar openbare repositories gestuurd.

Financiële en politieke steun kwam snel onder de nieuwe regering, met de CDC's aanbetaling van $ 200 miljoen voor sequentiële werkzaamheden. Toen werd in maart de noodwet aangenomen, waarin een oogverblindende 1,75 miljard dollar werd besteed aan de ondersteuning van landelijke volksgezondheidsprogramma's die de volgorde van ziekten of infecties, waaronder covid-19, ondersteunen.

De CDC en de WHO hebben zich ten doel gesteld om 5% van de positieve covid-gevallen te rangschikken om de verspreiding van varianten te volgen. De VS hebben dat doel snel bereikt, meestal door particuliere testlaboratoria te betalen om een ​​klein aantal positieve monsters te sequencen.

De CDC en de WHO hebben zich ten doel gesteld: sequentiëring van 5% van de positieve gevallen om de verspreiding van varianten te volgen - een getal gebaseerd op een voorgedrukte studie van de dominante fabrikant van covid-sequencers, Illumina.

De VS hebben dat doel snel bereikt, meestal door particuliere testlaboratoria te betalen om een ​​klein aantal positieve monsters te sequencen. In de laatste week van maart, toen er 450.000 nieuwe gevallen werden gemeld, hebben Amerikaanse laboratoria - inclusief academische laboratoria die door andere programma's worden gefinancierd - 16.143 geanonimiseerde sequenties ingediend bij GISAID, een wereldwijde opslagplaats van biologische gegevens, en 6.811 bij het National Center for Biotechnology Information, of NCBI.

(In die periode was er echter een van de laagste casuspercentages in zes maanden; om 5% te sequensen tijdens de piek van januari, zouden Amerikaanse laboratoria meer dan een miljoen dollar per dag moeten besteden aan het sequensen van vijf keer het aantal monsters.)

Amerika zou een uitstekende plek moeten zijn om de genetische evolutie van covid te bestuderen. Het heeft wijdverbreide infecties, een genetisch diverse populatie en het grootste aantal gevaccineerde individuen ter wereld. Maar ondanks de toename van genomische sequencing, vragen sommige volksgezondheidsexperts en wetenschappers zich nu af wat er met al deze informatie wordt gedaan - en hoe haalbaar de doelen van het veld zijn.

Op zijn site die genomische surveillance beschrijft, zegt de CDC dat sequencing kan volgen of varianten hebben geleerd vaccins of behandelingen te omzeilen. Maar het bewakingssequentieprogramma van het bureau verbindt geen van zijn sequenties met de mensen waar ze vandaan kwamen, of ze nu gevaccineerd waren of hoe ziek ze werden.

Het grootste argument voor dit soort anonieme surveillance-sequencing is ondertussen dat het ambtenaren vroegtijdig waarschuwt voor mogelijke veranderingen in het aantal gevallen. Maar in reactie op nieuws dat meer overdraagbare varianten goed ingeburgerd zijn in Amerika, hebben staten de maskermandaten versoepeld en de eetgelegenheid binnenshuis heropend.

We spraken met een aantal sequencing-experts met ervaring uit de eerste hand tijdens de pandemie en hoorden hetzelfde van velen van hen: het omzetten van bewakingsgegevens in bruikbare kennis wordt geconfronteerd met enorme juridische, politieke en infrastructurele barrières in de VS, waarvan sommige onoverkomelijk.

Tenzij wetenschappers en beleidsmakers vragen waarom ze covid-sequenties willen en hoe ze die gegevens het beste kunnen gebruiken, zal genomische surveillance een afnemend rendement opleveren - en veel van zijn potentieel zal waarschijnlijk worden verspild.

Het is waanzinnig moeilijk om dit goed te doen in de Verenigde Staten, zegt Lane Warmbrod, senior analist bij het Johns Hopkins Center for Health Security. Ik zou erg teleurgesteld zijn als al dit geld gewoon naar een hele reeks covid-sequenties zou gaan, en er niet aan werd gedacht om iets te bouwen dat lang meegaat.

Wat surveillance sequencing niet kan doen?

Het lijdt geen twijfel dat sequencing revolutionair is geweest voor de volksgezondheid, niet in de laatste plaats omdat de mRNA-vaccins werden ontwikkeld met behulp van sequenties die slechts een maand nadat een man met een vreemde ziekte in een Wuhan-ziekenhuis verscheen, werd gepubliceerd.

Surveillance-sequencing, die de genetische code van een deel van de positieve tests identificeert en veranderingen in de tijd zoekt, kan onderzoekers helpen de evolutie van het virus te volgen. Als de ene soort sneller toeneemt dan de andere, kunnen onderzoekers er verder onderzoek naar doen.

Ons toezicht is onvolmaakt, maar we zijn in staat om te zien wanneer en waar we transmissie in een regio krijgen en om grootschalige veranderingspatronen te identificeren, zegt Duncan MacCannell, chief science officer van het Office of Advanced Molecular Detection, of OAMD. het CDC-kantoor dat verantwoordelijk is voor het uitbreiden van de nationale sequencing-inspanningen.

Op de vraag waarom surveillance-sequencing zo belangrijk is, is het gebruikelijk dat autoriteiten antwoorden dat het kan helpen volgen hoe een soort zich in de echte wereld gedraagt. Vaak brengen dergelijke argumenten echter twee dingen samen: steekproeven nemen van positieve tests die zijn geanonimiseerd en gerichte analyse gebruiken om specifieke, identificeerbare gevallen te begrijpen.

De CDC's pagina over surveillance-sequencing van covid-varianten beweert bijvoorbeeld dat routinematige analyse van genetische sequentiegegevens kan helpen bij het opsporen van varianten met het vermogen om natuurlijke of vaccin-geïnduceerde immuniteit te omzeilen en ofwel mildere of ernstigere ziekte bij mensen te veroorzaken.

'Betekent het dat je een variant vaker ziet, dat hij ook beter overdraagbaar is? Kan zijn. We moeten meer wetenschappelijk onderzoek doen om te begrijpen of het iets doet waar we ons echt zorgen over maken.

Weten wanneer varianten leren om het immuunsysteem te omzeilen, kan wetenschappers vertellen of ze de vaccinformules moeten veranderen. Maar sequenties kunnen je die dingen niet vertellen, tenzij ze verband houden met informatie over de mensen waar ze vandaan komen. Dat is vaak onmogelijk volgens de Amerikaanse regelgeving.

Alleen omdat je een variant vaker ziet, betekent dat dan dat deze ook beter overdraagbaar is? Misschien, zegt Brian Krueger, technisch directeur van onderzoek en ontwikkeling bij LabCorp, dat een covid-sequencingcontract heeft met de CDC. We moeten meer wetenschappelijk onderzoek doen om te begrijpen of het iets doet waar we ons echt zorgen over maken.

Dat LabCorp-contract maakt deel uit van het primaire sequencingprogramma van OAMD, dat grote testlaboratoria in het hele land betaalt om duizenden positieve covid-tests te sequencen. Het project is vooral op zoek naar varianten van zorg, stammen waarvan al vermoed wordt dat ze slechtere resultaten veroorzaken of zich sneller verspreiden. Het houdt ook bij wanneer en waar verschillende takken van de stamboom van covid-19 zich verspreiden en welke genetische veranderingen herhaaldelijk opduiken. Als een tak van het virus sneller groeit dan andere, of als een mutatie steeds in verschillende families opduikt, kan het worden gemarkeerd voor aandacht.

Tegelijkertijd verzamelt OAMD onbewerkte monsters van volksgezondheidslaboratoria in het hele land om in het laboratorium te bestuderen, de virale monsters in gerechten te kweken en ze te vergelijken met therapieën en antilichamen van patiënten. Die reageerbuisstudies zijn de bron van de meest recente krantenkoppen over varianten die de door vaccins verleende bescherming omzeilen. Ze hebben ook de neiging om de immuunbescherming tegen ziekte, die veel overlappende mechanismen heeft, drastisch te ondermijnen.

Maar vanwege de privacy van patiënten en andere vereisten voor regelgevend toezicht, worden al deze monsters, evenals alle sequenties die ze uit laboratoria verzamelen, opzettelijk geanonimiseerd: ze hebben geen verband met de patiënt in kwestie.

Het uitzicht van 10.000 voet nemen

Volgens MacCannell is de OAMD niet van plan om zijn geanonimiseerde gegevens te contextualiseren met klinische informatie.

Die contracten zijn opgesteld om ons het uitzicht van 10.000 voet te geven, zegt MacCannell.

Zelfs als het bewakingssequenties zou willen combineren met patiëntinformatie in zijn analyses, zou het agentschap een enorme zware strijd leveren. In de VS zijn de meeste patiëntendossiers – testresultaten, informatie over vaccinaties, ziekenhuisdossiers – verspreid over vele niet-verbonden databases. Of de eigenaren van die gegevens nu wel of niet geïnteresseerd zijn in het overdragen van de informatie aan de overheid, het verzamelen ervan vereist doorgaans toestemming van elk individu, een zeer arbeidsintensieve onderneming.

Verwant verhaal

Hoe de wetenschap er niet in slaagde de mysteries van het menselijk brein te ontrafelen

Grote, dure inspanningen om de hersenen in kaart te brengen zijn tien jaar geleden begonnen, maar zijn grotendeels mislukt. Het is een goede herinnering aan hoe complex dit orgel is.

In plaats van te proberen deze problemen op nationaal niveau op te lossen, stellen de sequencing-contracten individuele volksgezondheidsinstanties in staat om de namen en contactgegevens op te vragen van mensen die positief hebben getest op varianten van zorg. Maar dat duwt dezelfde problemen van gegevenseigendom door de keten.

Sommige staten zijn erg goed en willen veel weten over varianten die in hun staat circuleren, zegt Brian Krueger van LabCorp. De andere staten niet.

Epidemiologen in de volksgezondheid hebben vaak weinig ervaring met bio-informatica en gebruiken software om grote datasets zoals genomische sequenties te analyseren. Slechts een paar bureaus hebben reeds bestaande sequencing-programma's; zelfs als ze dat wel zouden doen, wordt door elk rechtsgebied slechts een klein deel van de dataset te laten analyseren hoeveel kennis kan worden verzameld over gedrag in de echte wereld.

Om deze problemen te omzeilen - waardoor het gemakkelijker wordt om sequenties en klinische metadata op grote schaal met elkaar te verbinden - zou echter meer nodig zijn dan alleen een grondige hervorming van de privacyregelgeving. Het zou een reorganisatie betekenen van het hele gezondheidszorgsysteem in de VS, waar elk van de 64 volksgezondheidsinstanties als koninkrijkjes opereren, en er is geen centralisatie van informatie of macht.

Metadata is de grootste ongescheurde noot, zegt Jonathan Quick, algemeen directeur van pandemierespons, paraatheid en preventie bij de Rockefeller Foundation. (De Rockefeller Foundation helpt bij het financieren van de dekking bij MIT Technology Review, hoewel het geen redactioneel toezicht heeft.) Omdat het zo moeilijk is voor volksgezondheidsexperts om groot genoeg datasets samen te stellen om echt variantgedrag in de echte wereld te begrijpen, moet ons begrip komen van vaccinfabrikanten en ziekenhuizen die sequencing toevoegen aan hun eigen klinische proeven, zegt hij.

Het is frustrerend voor hem dat er al zoveel enorme datasets met nuttige informatie bestaan ​​in elektronische medische dossiers, vaccinatieregisters en andere bronnen, maar niet gemakkelijk kunnen worden gebruikt.

Er is nog veel meer dat kan worden geleerd, en sneller, zonder de ketenen die we aan het gebruik van die gegevens hebben opgelegd, zegt Quick. We kunnen niet alleen vertrouwen op de vaccinbedrijven om toezicht te houden.

Bio-informatica op staatsniveau stimuleren

Als van volksgezondheidslaboratoria wordt verwacht dat ze zich meer gaan richten op het zelfstandig volgen en begrijpen van varianten, hebben ze alle hulp nodig die ze kunnen krijgen. Per geval iets doen aan varianten is immers een taak voor de volksgezondheid, terwijl iets doen aan varianten op beleidsniveau een politieke taak is.

Volksgezondheidslaboratoria gebruiken over het algemeen genomica om anders verborgen informatie over uitbraken bloot te leggen, of als onderdeel van track-and-trace-inspanningen. In het verleden werd sequencing gebruikt om verbinding te maken E coli uitbraken op specifieke boerderijen, ketens van hiv-overdracht identificeren en onderbreken, Amerikaanse ebolagevallen isoleren en jaarlijkse grieppatronen volgen.

Zelfs degenen met gevestigde programma's hebben de neiging om spaarzaam om te gaan met genomics. De kosten van sequencing zijn de afgelopen tien jaar drastisch gedaald , maar het proces is nog steeds niet goedkoop, vooral voor de staats- en lokale gezondheidsafdelingen die krap bij kas zitten. De machines zelf kosten honderdduizenden dollars om te kopen en meer om te gebruiken: Illumina, een van de grootste makers van sequencing-apparatuur, zegt dat laboratoria gemiddeld $ 1,2 miljoen jaarlijks op leveringen voor elk van zijn machines.

We zullen heel veel kansen missen als we gezondheidsafdelingen gewoon geld geven om programma's op te zetten zonder een federale strategie te hebben, zodat iedereen weet wat ze doen.

Zorginstellingen hebben niet alleen geld nodig; ze hebben ook expertise nodig. Surveillance vereist hoog opgeleide bio-informatici om de lange reeksen letters van een reeks om te zetten in bruikbare informatie, evenals mensen om de resultaten aan ambtenaren uit te leggen en hen te overtuigen om geleerde lessen om te zetten in beleid.

Gelukkig heeft de OAMD de staats- en lokale gezondheidsafdelingen ondersteund bij hun pogingen om hun sequentiegegevens te begrijpen, regionale bio-informatici in dienst te nemen om met volksgezondheidsfunctionarissen te overleggen en de inspanningen van instanties om hun ervaringen te delen, te vergemakkelijken.

Het stort ook honderden miljoenen in het bouwen en ondersteunen van de eigen sequencing-programma's van die instanties - niet alleen voor covid, maar voor alle ziekteverwekkers.

Maar veel van die instanties staan ​​onder druk om zoveel mogelijk covid-genomen te sequensen. Zonder een samenhangende strategie voor het verzamelen en analyseren van gegevens, is het onduidelijk hoeveel nut die programma's zullen hebben.

We zullen heel veel kansen missen als we gezondheidsafdelingen gewoon geld geven om programma's op te zetten zonder een federale strategie te hebben, zodat iedereen weet wat ze doen, zegt Warmbrod.

Eerste visioenen, toegeëigend

Mark Pandori is directeur van het laboratorium voor volksgezondheid in de staat Nevada, een van de programma's die OAMD ondersteunt. Hij is al jaren een groot voorstander van genomic surveillance. Voordat hij naar Reno verhuisde, leidde hij het volksgezondheidslaboratorium in Alameda County, Californië, waar hij hielp bij het opzetten van een programma dat sequencing gebruikt om bij te houden hoe infecties door ziekenhuizen werden verspreid.

Het omzetten van sequenties in bruikbare gegevens is de grootste uitdaging voor genomics-programma's voor de volksgezondheid, zegt hij.

De CDC kan zeggen: 'Koop een heleboel sequencing-apparatuur, doe een heleboel sequencing.' Maar het doet niets tenzij de gebruikers van die gegevens weten hoe ze het moeten gebruiken en weten hoe ze het moeten toepassen, zegt hij . Ik heb het met je over de robotica die we elke dag nodig hebben om dingen in volgorde te krijgen, maar gezondheidsafdelingen hebben gewoon een eenvoudige manier nodig om te weten of gevallen verband houden.

Als het om varianten gaat, staan ​​volksgezondheidslaboratoria onder veel van dezelfde druk waarmee de CDC wordt geconfronteerd: iedereen wil weten welke varianten circuleren, of ze iets met de informatie kunnen doen of niet.

Pandori lanceerde zijn covid-sequencing-programma in de hoop de arbeid te verminderen die nodig is om mogelijke covid-uitbraken te onderzoeken, en snel te identificeren of gevallen die in de buurt van elkaar werden gevangen gerelateerd of toevallig waren.

Zijn lab identificeerde als eerste in Noord-Amerika een patiënt die opnieuw besmet was met covid-19, en vond later de B.1.351-variant bij een gehospitaliseerde man die net terug was uit Zuid-Afrika. Met snelle contactopsporing kon de GGD voorkomen dat het zich verspreidde.

Maar de gezondheidsafdelingen van de provincie hebben hun prioriteiten verlegd van die onderzoeken op de grond als reactie op de publieke focus op het zoeken naar bekende varianten van zorg, zegt hij. Het is een zet waar hij nogal sceptisch over is.

Mijn aanvankelijke visie om het te gebruiken als een epidemiologisch en ziekteonderzoeksinstrument is toegeëigend door dit als een variantscan te gebruiken, zegt Pandori. Het is een soort nieuwe fase in laboratoriumtests. We zijn van niet genoeg testen, punt, naar niet genoeg genetische sequencing gegaan, denk ik. Dat is wat mensen nu zeggen.

(Pandori is niet de enige wiens onderzoeksinteresses zijn belaagd door een focus op surveillance. Krueger heeft het covid-sequencingprogramma van LabCorp gebouwd in de hoop te bestuderen hoe varianten evolueren binnen individuele patiënten. De valuta lijkt tegenwoordig te zijn, hoeveel volledige genomen kun je indienen naar de verschillende databases? zegt hij.)

Elke maand stuurt het laboratorium van Pandori, zoals gevraagd, 40 monsters naar de CDC. Het team sequentieert ook 64 van hun eigen monsters per dag. Als ze niet genoeg recente samples hebben, duiken ze in de archieven; tot nu toe zijn ze helemaal terug naar monsters van november.

Wat betreft het sequencen van 5% van de gevallen in Nevada, worden de meeste tests in de staat uitgevoerd door particuliere laboratoria, die de monsters over het algemeen weggooien voordat ze kunnen worden gesequenced. Specimens die worden getest door particuliere laboratoria, of antigeentesten, die gaan verloren voor toezicht, zegt hij.

Pandori zegt dat hij niets heeft gehoord van de CDC of de volksgezondheidsafdeling over variantgegevens uit het laboratoriumprogramma van de CDC.

Doe het omdat je een vraag hebt

De VS kunnen unieke problemen ondervinden bij het koppelen van variantsequenties aan hun gedrag in de echte wereld, maar elk systeem wordt geconfronteerd met zijn eigen uitdagingen. Zelfs landen met goed ontwikkelde nationale gezondheidszorgsystemen worstelen met de enorme hoeveelheden gegevens die nodig zijn om echt te begrijpen wat deze genetische veranderingen doen.

In feite zijn er maar weinig regeringen die het werk doen, en misschien slechts één die het op grote schaal met succes doet.

COG-UK, een consortium van academische en overheidslaboratoria in Groot-Brittannië, organiseerde de eerste grote covid-sequencing-inspanning ter wereld en wordt algemeen beschouwd als de stralende ster van het veld. De wetenschappers hebben niet alleen bijna twee keer zoveel monsters gesequenced als de VS, maar waren ook de eersten die een variant met verhoogde transmissie identificeerden en karakteriseerden.

Doe het omdat je een vraag hebt. Als u dat niet doet, stop dan met het gebruiken van al onze Illumina-reagentia. Onze toeleveringsketens zijn uitgeput sinds de VS aankondigden dat ze de sequencingcapaciteit gingen verhogen.

Ze hebben het allemaal gedaan voor minder dan £ 50 miljoen ($ 69 miljoen), volgens Leigh Jackson, de wetenschappelijke projectmanager van het consortium. Het is nogal oogstrelend om onze kosten te vergelijken met wat de particuliere sector aanrekent voor dit soort diensten, zegt hij, en hij merkt op dat het meeste werk afkomstig is van academische laboratoria, die ze voornamelijk in rekening brengen voor materialen.

Overweldigend zal doelstelling nummer één bewustzijn zijn van ontsnappingsmutaties door vaccins in de echte wereld. Het gaat gebeuren. Omdat we nu zo'n brede dekking en capaciteit hebben, zouden we ze vrij snel moeten kunnen zien, zegt Jackson.

Dat werk is mogelijk omdat de volksgezondheid en de geneeskunde in het VK beide zijn genationaliseerd, dus tests en vaccinrecords zijn allemaal getagd met het unieke NHS-nummer van de patiënt. COG-UK heeft slechts een paar overeenkomsten voor het delen van gegevens nodig om alle 400.000 monsters die ze hebben gesequenced terug te koppelen aan vaccinlijsten en ziekenhuisgegevens op het hoogste niveau. Dat wil niet zeggen dat het combineren van die datasets eenvoudig is; de groep bouwt momenteel aan een gestroomlijnd systeem om alle andere losgekoppelde systemen met elkaar te verbinden, het uploaden van nieuwe gegevens te automatiseren en het voor partners gemakkelijker te maken om toegang te krijgen.

Jackson is blij te horen over de uitbreiding van goed ontworpen sequencing-programma's, maar hij is het niet eens met massa-sequencing die wordt gedaan zonder duidelijk gedefinieerde doelen.

Doe het niet omdat het een stemwinnaar is, of omdat het er goed uitziet, of omdat het mensen blij maakt. Doe het omdat je een vraag hebt, zegt hij. Als u dat niet doet, stop dan met het gebruiken van al onze Illumina-reagentia. Onze toeleveringsketens zijn uitgeput sinds de VS aankondigden dat ze de sequencingcapaciteit gingen verhogen.

Van monster naar de Dus wat?

In de volksgezondheid is - in tegenstelling tot fundamenteel onderzoek - kennis alleen macht als het gepaard gaat met actie. Het is wat Quick van de Rockefeller Foundation noemt: van het monster naar het 'So what?'

Sequenties moeten op grote schaal worden gekoppeld aan immunisatiegegevens om iets te kunnen zeggen over de werkzaamheid van vaccins. Besluitvormers moeten reageren op varianten als het ertoe doet om ze op volgorde te zetten. (Op dit moment heropenen veel Amerikaanse staten bioscopen en binnenrestaurants, ondanks duidelijk bewijs dat meer overdraagbare stammen gevallen in het hele land doen toenemen.)

Verwant verhaal

De volgende handeling voor boodschapper-RNA kan groter zijn dan covid-vaccins

Nieuwe messenger-RNA-vaccins om het coronavirus te bestrijden, zijn gebaseerd op een technologie die de geneeskunde zou kunnen transformeren. Volgende: sikkelcel en HIV.

Warmbrod van Johns Hopkins hoopt dat dit geld proactief wordt gebruikt, met het oog op de toekomst, in plaats van reactief.

Als ik terugga en naar papieren kijk die zes, zeven jaar oud zijn, denk ik: 'Oh God, we weten al jaren van dit exacte probleem en we hebben niets gedaan', zegt ze. Welke tools en infrastructuur we nu ook bouwen, ze kunnen voor veel meer worden gebruikt dan alleen covid.

MacCannell denkt er net zo over: het is onze rol om erachter te komen hoe genomische surveillance in het Amerikaanse volksgezondheidssysteem kan worden uitgebreid op manieren die niet alleen covid-specifiek zijn. We willen geleerde lessen meenemen en breed toepassen.

Het is in ieders voordeel als deze enorme geldinjectie niet alleen wordt gebruikt als reactie op de ene crisis, maar als voorbereiding op de volgende. Het biedt een reële kans om scheuren in ons volksgezondheidssysteem te dichten en stabiele instellingen op te bouwen die gezondheidsverschillen overbruggen, krachtig reageren op potentiële bedreigingen en blijven functioneren in een crisis.

Tegelijkertijd, als de CDC het meeste uit zijn rol als nationale volksgezondheidsinstantie wil halen, moet het alle beschikbare middelen gebruiken - inclusief deze enorme opslagplaats van real-world variantsequenties - bij het volgen van real-world gedrag, zoals het ontwijken van door vaccins veroorzaakte immuniteit.

Als u dit niet doet, kan dit dodelijke gevolgen hebben.

We zijn van plan om de planeet te immuniseren, en ik ben behoorlijk bezorgd, zegt Quick. We moeten deze gegevens delen, zodat we niet veel tijd en moeite investeren in het immuniseren van zoveel mogelijk mensen, om erachter te komen dat het veel minder effectief was dan we dachten. Dat zijn meer levens die verloren gaan en meer geloofwaardigheid voor vaccins.

Dit verhaal maakt deel uit van het Pandemic Technology Project, ondersteund door The Rockefeller Foundation.

zich verstoppen